2000年代，动漫从偶然看到的节目，变成了每周追着看、等下一集时还要争论一番的作品。整个年代里，制作逐渐转向数字技术。清晰的线条取代了赛璐璐动画柔和的观感，合成更加大胆，色彩也从柔和的光泽变得鲜明夺目。观众也在变化。大家开始上网，并在临近播出的时间追番，因此作品可以面向那些花一整周交流猜测的观众来编写。刻意隐藏信息的剧情，以及精心设计、足以让论坛热议7天的悬念，都能看出这种转变。业界也意识到，全世界都在看动漫。这份片单偏爱2000年代特有的劲头，因此除了作品本身的质量，野心和声势也是考量因素。真正属于其他年代的重制作和续作不在其中。这不是排名，顺序串起了这个年代的不同风貌：从斗智热潮开始，经过风格鲜明、追求极致的作品，最后落在那些较为安静、成就却被严重低估的作品上。
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《Code Geass 反叛的鲁路修》展现了这个年代斗智热潮中声势浩大、戏剧性十足又毫不收敛的一面。一位流亡王子获得了强迫他人服从的能力，并用它对抗帝国。几乎每一集结尾的反转都像是专门设计来让留言板到周一就炸开锅的。这是那个时代必须守着播出时间看的电视节目的巅峰。想看克制或含蓄表达的人，显然选错了作品。
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《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》代表了这个年代的精品之作，对观众的要求比本榜其他作品都高。在这个身体如同硬件、思想可以被黑客入侵的世界里，一支网络犯罪调查小组负责侦办案件。政治与办案程序带来实实在在的紧张感，哲学也是故事的一部分，而不是战斗间隙的点缀。它证明了类型作品也可以真正面向成年人，因此跻身这份榜单。对白信息量很大，稍不留神就会错过重要内容。
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常见问题
观众发生变化的同时，制作流程也在改变。数字上色和合成取代了拍摄赛璐璐片，让画面更加鲜亮清晰，也让某些运镜得以在预算内实现。全球观众也开始在临近播出的时间追番，这鼓励编剧创作出能让观众一整周的推测有所回报的作品。